Hasta el s. V a. C. no se tienen noticias de la isla. Es en este siglo cuando se da a conocer que Halki forma parte de la liga Ático-Délica y como tal está sujeta a pagar una contribución.
En el s. IV a. C., según establece una inscripción, dependía de la ciudad-estado de Kámiros, por lo que su destino estuvo ligado al de Rodas ya en época temprana.
Según algunas inscripciones parece que en la isla hubo un templo dedicado a Apolo, como lo prueban algunas monedas halladas, aunque se desconoce su ubicación. Hubo una acrópolis helenística donde está el castillo.
En la Edad Media se despobló debido a los constantes ataques piratas. A partir de 1204 irrumpen en escena los venecianos y los genoveses y, en el s. XIV, pasa a pertenecer a los Caballeros de San Juan, instalados en Rodas. Serán éstos quienes levanten el castillo de Horió.
En 1522 cae bajo el poder de los turcos, aunque le serán concedidos ciertos privilegios económicos y políticos, como conservar su propia autonomía y pagar únicamente un tributo. Con el tiempo disfrutará de prosperidad gracias a su desarrollo económico, pero el apoyo a la independencia griega y la consiguiente represión turca, traen medidas duras como mayores cargas tributarias, imposición de la lengua turca, etc.
Halki apoyó a los italianos en su lucha contra los turcos, con la vana esperanza de recuperar la libertad, pero lo que siguió no fue mucho mejor: sustitución de lengua y cultura griega por la italiana, ocupación militar, represión y deportaciones.
En 1943 los alemanes tomaron el control, que apenas duró dos años, hasta la firma de su rendición en la isla de Symi. Desde 1948 Halki, junto a todo el Dodecaneso, se une a Grecia.
