La pequeña isla de Lipsí raramente es mencionada en la Antigüedad y ha estado siempre unida a la historia de sus vecinas, en especial a Patmos.
La arqueología indica que ya estaba poblada en tiempos prehistóricos. Los primeros habitantes pudieron ser los pelasgos, seguidos por los carios (s. XIV a. C.), dorios (hacia 1200 a. C.) y jonios.
En la época clásica, se unió a la liga Ático-Délica para luchar contra los persas, en las Guerras Médicas.
A partir del s. I a. C. fue ocupada por los lacedemonios, los argivos y los rodios.
En tiempos romanos se produce su conversión al cristianismo gracias al foco que emana de Patmos. Con la división del Imperio, pasa a manos bizantinas.
Durante la Edad Media, al igual que sus vecinas, es atacada y saqueada a menudo por los piratas sarracenos, por ello permanece deshabitada hasta el s. XI.
El destino de Lipsí cambia a partir de la fundación en Patmos del monasterio de San Juan (1088) pasando a depender del mismo. Son tiempos de prosperidad.
La aparición de la Orden de los Caballeros de San Juan de Rodas la libran de la conquista de los turcos, hasta 1522, que cae en sus manos. Sin embargo, al igual que sucede con Patmos, bajo el Imperio Otomano gozará de privilegios y libertad de movimientos, lo que le reporta cierta bonanza.
En 1821, al producirse la rebelión de Grecia por la independencia, se une a la misma contra los turcos, proclamándose la 13ª provincia del Egeo en el Dodecaneso, sirviendo como refugio y base de aprovisionamiento. A pesar de la independencia griega vuelve a manos turcas en 1830.
La ocupación italiana, en 1912, no trae beneficios sino todo lo contrario. Se rebela y lo paga con su destrucción.
Finalmente, en 1948 se produce la anhelada unión a Grecia. Hoy forma parte de la provincia de Kálimnos, en la cual reside el gobierno.
